拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井青行踪不明，而母亲优莱卡也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等。小时与诊疗所里的老医生深井敏夫一同生活，现正在Generation Blue中。　　女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

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